Estudio del desempeño de dos métodos de detección de antígenos rápidos en hisopados combinados y en hisopados nasofaríngeos para la detección de SARS-CoV-2 / Performance study of two rapid antigen detection methods in combined swabs and nasopharyngeal swabs for detection of SARS-CoV-2

Resumen Se realizó una comparación del desempeño de los métodos rápidos de detección de antígenos para el diagnóstico de SARS-CoV-2 Veritor System de Becton Dickinson y Panbio de Abbott versus una reacción en cadena de la polimerasa con retrotranscripción en tiempo real (RT-PCR) de Roche en un triage de demanda espontánea de pacientes febriles de un hospital público, para la detección de COVID-19. Se procesaron 36 hisopados de pacientes sospechosos por los tres métodos. La concordancia entre ambos métodos con la RT-PCR fue del 97%. La sensibilidad de los métodos de detección de antígenos versus la RT-PCR fue del 83% y la especificidad fue del 100%. El valor predictivo positivo (VPP) fue del 100% y el valor predictivo negativo (VPN) fue del 97%. La muestra que resultó discordante presentó un ciclo umbral (Ct) de 29,8. El método para detección de antígenos tuvo un desempeño aceptable, incluso con resultados de sensibilidad mayores que los declarados por los fabricantes (84% para el Veritor System y 93,3% para el Panbio).

Abstract A comparison of the performance of the rapid antigen detection methods for the diagnosis of SARS-CoV-2 Veritor System from Becton Dickinson and Panbio from Abbott versus a real-time polymerase chain reaction with reverse transcription (RT-PCR) Roche in a spontaneous demand triage of febrile patients of a public hospital was made, for the detection of COVID-19. Thirty six swabs from suspected patients were processed by the three methods. The concordance between both methods with RT-PCR real time was 97%. The sensitivity of the antigen detection methods versus RT-PCR real time was 83% and specificity was 100%. The positive predictive value (PPV) was 100% and the negative predictive value (NPV) was 97%. The sample that was discordant presented a threshold point (Ct) of 29.8. The method for antigen detection resulted in an acceptable performance, even with S results higher than those declared by the manufacturers (84% for the Veritor System and 93.3% for the Panbio).

Resumo Uma comparação do desempenho dos métodos rápidos de detecção de antígenos para o diagnóstico deSARS-CoV-2 Veritor System de Becton Dickinson e Panbio de Abbott versus uma reação em cadeia da polimerasecom transcrição reversa em tempo real (RT-PCR) da Roche em uma triagem de demanda espontâneade pacientes febris de um hospital público, para a detecção de COVID-19. Foram processadas 36 amostrasde esfregaços de pacientes suspeitos pelos três métodos e a concordância entre os dois métodos com aRT-PCR foi de 97%. A sensibilidade dos métodos de detecção de antigenos versus a RT-PCR foi de 83% ea especificidade de 100%. O valor preditivo positivo (VPP) foi de 100% e o valor preditivo negativo (VPN)foi de 97%. A amostra que resultou discordante apresentou um ciclo limiar (Ct) de 29,8. O método paradetecção de antígenos teve um desempenho aceitável, mesmo com resultados de sensibilidade superioresaos declarados pelos fabricantes (84% para o Veritor System e 93,3% para o Panbio).

La región sudeste del Gran Buenos Aires frente a la pandemia Evaluación de la ampliación del sistema de salud en el marco de la COVID 19 / The Southeastern region of the Buenos Aires Province metropolitan area in the face of the pandemic: evaluation of the expansion of the health system in the framework of COVID-19

INTRODUCCIÓN: La región sudeste del Gran Buenos Aires (GBA) reformuló el sistema público de salud por la pandemia de COVID19. Entre las medidas que se tomaron, está la ampliación del número de camas mediante la construcción y puesta en marcha de tres hospitales. OBJETIVO: Evaluar el impacto de la ampliación del número de camas en los resultados de internación de los pacientes asistidos por los efectores públicos de salud durante el período de estudio (8 de abril de 2020 al 11 de septiembre de 2020). MÉTODOS: Estudio descriptivo a partir de información registrada en el Tablero COVID-19, software de gestión desarrollado por el equipo del Instituto del Cálculo de la Universidad de Buenos Aires, en el que se obtienen datos de cada paciente internado en la red de efectores de salud; se evalúan los resultados del efecto del aumento de la capacidad instalada. RESULTADOS: Se registraron 2 306 pacientes internados, de los cuales 266 (11,54%) requirieron internación en unidad de cuidados intensivos (UCO), 1 786 (77,4%) en cuidados intermedios y 254 (11%) pacientes en sala general. La media de edad fue de 50,63 y los pacientes de sexo masculino representaron el 55,5% del total. Se produjeron 253 muertes (10,97%), de las cuales el 64% fueron hombres. El 58,3% del total tenían enfermedades preexistentes, estos tienen un riesgo 90% más alto que quienes no las tenían. El promedio total de ocupación de camas en UCI fue del 40,7%, mientras que el de ocupación en cuidados intermedios fue de 61,5%. Sin los hospitales nuevos, 169 pacientes (9,46%) no hubieran tenido camas en cuidados intermedios y 31 pacientes (11,6%) no hubieran tenido cama en la UCI. DISCUSIÓN: El sistema de salud de la región sudeste del GBA se preparó de manera adecuada gracias a la ampliación del número de camas de internación.

Introduciendo al Hospital El Cruce en la secuenciación de nueva generación: una ventana al futuro / Introducing El Cruce Hospital in the next generation sequencing: a window into the future

OBJETIVO: Introducir al hospital en la investigación traslacional mediante la secuenciación de nueva generación sobre muestras de pacientes que concurrieron al Servicio de Hematología del Hospital El Cruce Dr. Néstor C. Kirchner -SAMIC- durante el año 2018. Analizar las mutaciones (variantes) encontradas en los pacientes con diagnóstico Síndrome Mielodisplásico (SMD), e identificar factores pronósticos. MATERIAL Y MÉTODOS: Se ha utilizado la tecnología de Secuenciación de Nueva generación, Next Generation Sequencing (NGS) en 11 pacientes, que concurrieron al Servicio de Hematología con patología mieloide, 6 Síndrome Mielodisplásicos (SMD), 3 Leucemias Mielomonocíticas crónicas y dos Leucemias Agudas. La extracción del ADN se realizó en equipo automatizado MagnaPure Compact de Roche, la cuantificación en un Fluorómetro Qubit 3.0 y la secuenciación propiamente dicha en la empresa Biosystems en un secuenciador MySeq de Illumina, su cuantificación y la generación de las librerías se llevaron a cabo en el área de biología molecular del Servicio de Laboratorio del Hospital El Cruce. La extracción RESULTADOS: Se encontraron 774 variantes totales, de las cuales 35 resultaron variantes en regiones codificantes patogénicas. De éstas, 23 fueron por cambio en un solo nucleótido, 7 inserciones con cambio de lectura, 4 deleciones y 1 variante en múltiples nucleótidos. CONCLUSIONES: Los resultados obtenidos en esta primera experiencia cumplieron con las métricas exigidas por el fabricante, ya que los indicadores de calidad de muestra ADN, preparación de biblioteca y parámetros de secuenciación fueron satisfactorios. Se encontraron mutaciones en 10 de 11 pacientes. Por un lado se hallaron afectados los mismos genes que aparecen reportados en la bibliografía y por el otro hay un número importante de variantes aún no reportadas.

OBJECTIVE: Introduce the hospital in translational research through the sequencing of new generation on samples of patients who attended the Hematology Service of El Cruce Hospital Dr. Néstor C. Kirchner -SAMIC- during the year 2018. To analyze the mutations (variants) found in patients diagnosed with Myelodysplastic Syndrome (MDS), and to identify prognostic factors. MATERIAL AND METHODS: The Next Generation Sequencing (NGS) Sequencing technology was used in 11 patients, who attended the Hematology Service with a diagnosis of Myelodysplastic Syndrome (MDS). DNA extraction was performed on Roche's MagnaPure Compact automated equipment, quantification on a Qubit 3.0 Fluorometer and actual sequencing at the Biosystems company on a MySeq sequencer from Illumina, its quantification and generation of the libraries were carried out in the molecular biology area of the Laboratory Service of El Cruce Hospital. The removal RESULTS: We found 801 total variants, of which 35 were variants in pathogenic coding regions. Of these, 23 were by change in a single nucleotide, 7 insertions with change of reading, 4 deletions and 1 variant in multiple nucleotides. CONCLUSIONS: The results obtained in this first experience complied with the metrics required by the manufacturer, since the indicators of DNA sample quality, library preparation and sequencing parameters were satisfactory. Mutations were found in all samples. On the one hand, the same genes that are reported in the literature were affected and on the other there are a significant number of variants not yet reported or that can not be associated with SMD.

Utilidad de la procalcitonina y proteina C reactiva en la unidad de terapia intensiva pediatrica / Utility of procalcitonin and C-reactive protein in pediatric intensive care unit / Utilidade da procalcitonina e proteína C-reativa na unidade de terapia intensiva pediátrica

El objetivo de este trabajo fue evaluar la utilidad de la Procalcitonina (PCT) y Proteina C Reactiva (PCR) en pacientes pediatricos con sospecha de infeccion bacteriana o sepsis al ingreso a la Unidad de Terapia Intensiva Pediatrica (UTIP) y posterior seguimiento como pronostico de internacion prolongada o muerte en un hospital de tercer nivel. Se realizo un estudio prospectivo observacional, unicentrico. Punto final primario: se considero un punto final combinado de muerte hospitalaria o internacion prolongada en la UTIP (mayor de 12 dias). Se dosaron Procalcitonina (VIDASR BRAHMS PCT) y PCR (Ensayo turbidimetrico BT 3000) al ingreso y al tercer dia de internacion y se calculo el aclaramiento de ambos marcadores. De 41 pacientes, 24 (58%) fallecieron o tuvieron internacion prolongada. El aclaramiento de PCT y PCR al tercer dia se asocio significativamente con menos mortalidad y menos dias de Internacion en UTIP (p=0,01 para PCT; p=0,0036 para PCR). El area bajo la curva ROC de PCR fue 0,773 y de PCT 0,735, sin diferencias significativas entre ambas curvas, No hubo diferencias significativas entre los dos grupos para los valores al ingreso de PCT y PCR (p=0,82 y p=0,95 respectivamente). Se concluye que los valores del aclaramiento de ambos marcadores pueden ser una herramienta util para el pronostico clinico.

The aim of the present work was to evaluate the usefulness of procalcitonin and C-reactive protein in pediatric patients with suspected bacterial infection or sepsis on admission to the Pediatric Intensive Care Unit (PICU) and subsequent monitoring and prognosis of prolonged hospitalization or death in a third level hospital. A prospective observational, single center study was performed and a combined endpoint of hospital death or prolonged hospitalization in the PICU (over 12 days) was considered as primary end point. Values of Procalcitonin (VIDAS ® BRAHMS PCT) and PCR (BT turbidimetric 3000) were obtained on admission and on the third day of hospitalization and clearance of both markers was calculated. Out of 41 patients, 24 (58%) died or had prolonged hospitalization. PCT and CRP clearance on the third day was significantly associated with lower mortality and shorter hospital stays in PICU (p=0.01 for PCT, p=0.0036 for PCR). The area under the ROC curve was 0.773 for CRP and PCT was 0.735, with no significant difference between both curves. No significant differences were observed between both groups for the PCT and CRP values at admission (p=0,82 and p=0,95 respectively). It can be concluded that clearance values of both markers can be a useful tool for clinical prognosis.

O objetivo de avaliar a utilidade da Procalcitonina e Proteína C-Reativa em pacientes pediátricos com suspeita de infecção bacteriana ou sepse na admissão na Unidade de Terapia Intensiva Pediátrica (UTIP) e posterior acompanhamento e prognóstico de hospitalização prolongada ou morte em um hospital de terceiro nível. Foi realizado um estudo prospectivo observacional, único centro. Ponto final primário: foi considerado um ponto final combinado de óbito hospitalar ou hospitalização prolongada na UTIP (mais de 12 dias). Foi dosada Procalcitonina (VIDAS ® BRAHMS PCT) e PCR (ensaio turbidimétrico BT 3000) na admissão e no terceiro dia de internação e foi calculado como se aclararam ambos os marcadores. Dos 41 pacientes, 24 (58%) morreram ou tiveram internação prolongada. A aclaração do PCT e PCR no terceiro dia foi significativamente associado a menor mortalidade e menor tempo de internação em UTI (p=0,01 para PCT, p=0,0036 para PCR). A área sob a curva ROC foi de 0,773 para PCR e PCT foi 0,735, sem diferença significativa entre as duas curvas. Não houve diferença significativa entre os dois grupos para os valores de PCT e renda PCR (p=0,82 e p=0,95 respectivamente). Concluiu-se que os valores de aclaração de ambos os marcadores podem ser uma ferramenta útil para o prognóstico clínico.

Evaluación de resultados de marcados serológicos para Enfermedad Celíaca / Evaluation of results of serological markers for Celiac Disease

INTRODUCCION: La enfermedad celíaca (EC) es una enteropatía autoinmune causada por una intolerancia permanente a las proteínas del gluten en individuos genéticamente susceptibles que poseen los haplotipos HLA-DQ2 y/o DQ8. La biopsia intestinal se considera el Gold Standard para la confirmación diagnóstica de EC. Existen kits de reactivos comerciales para la búsqueda de marcadores serológicos que pueden usarse para screening, diagnóstico y seguimiento de enfermedad celíaca. El laboratorio del Hospital El Cruce recibe muestras de suero de hospitales de la red para la determinación de marcadores serológicos para EC en pacientes con sospecha clínica de la misma. OBJETIVO: analizar los resultados obtenidos de las muestras de suero de pacientes del Hospital El Cruce y derivadas por los hospitales de la red a las cuales se les solicitó marcadores serológicos para EC. Evaluar el comportamiento de los marcadores serológicos para EC en su conjunto desde el periodo 07/01/2010 hasta el 03/01/2011, incluyendo tests de ELISA que dosan anticuerpos anti-péptidos de gliadina deaminados, aparentemente más sensibles y específicos que los métodos tradicionales. MATERIAL Y MÉTODO: Se realizaron tests de ELISA para Anticuerpos antitransglutaminasa tisular IgA e IgG (TTA), Anti-péptidos de gliadina deaminados (DGP IgG e IgA), anticuerpos anti-endomisio IgA (EMA) por IFI y dosaje de IgA por turbidimetría. Los pacientes se dividieron en dos grupos: 1) IgA ≥ 70 mg% a los cuales se les realizó test para anticuerpos clase IgA. 2) IgA < 70 mg%, o sea pacientes con dosajes de IgA menores al límite inferior del rango de referencia, a los cuales se hicieron tests para anticuerpos clase IgG. Los resultados se analizaron con Epi-Info 2008 versión 3.5.1. RESULTADOS: De 269 muestras serológicas analizadas, 185 (69%) eran adultos y 84 (31%) niños. De 185 adultos, 28 (15%) tenían IgA ≥ 70 mg%, anti-TTA IgA positivos y de 28; 22 (78%) tenían EMA IgA positivos y 20 (71%) eran positivos para anti-DGP IgA e IgG. De los 157 (85%) de los adultos restantes todos presentaron IgA ≥ 70 mg%; antiTTA IgA negativos, EMA negativos, pero 4 ensayos fueron positivos para anti-DGP IgA y 7 positivos para anti-DGP IgG. De 84 niños; 67 (80%) tenían IgA ≥ a 70mg%. entre los cuales 6 (9%) tenían marcadores serológicos positivos para EC, y 61 (91%) tuvieron resultados negativos para antiTTA IgA, pero 2 fueron positivos para anti-DGP IgA e IgG y 1 EMA IgA positivo. De 84 niños; en 17 (20%) el valor de IgA era menor a 70 mg%, 1 presentó valor de Anti-DGP IgG positivo (22 U, 10% sobre el valor de cut off). Conclusiones: Entre las muestras analizadas se observaron algunos casos con resultados no concluyentes o discordantes, por lo que consideramos que los marcadores serológicos no deben analizarse en forma aislada sino en conjunto. Los marcadores serológicos son de gran ayuda diagnóstica pero no definitorios en el 100% de los pacientes. Por esto mismo, a pesar de los avances en la serología con la incorporación kits más sensibles y específicos no se puede descartar la biopsia como gold Standard en el diagnóstico de EC.

BACKGROUND: Celiac disease (CD) is an autoinmune enteropathy caused by permanent intolerante against gluten proteins in genetically susceptible individuals carrying the HLA-DQ2 and/or HLA-DQ8 haplotypes. Intestinal biopsy is considered the gold standard for diagnosing CD. There are comercial kits to search serological markers for screening, diagnosis and follow up for celiac disease. Samples of patiens with clinical suspicion of CD are recieved and assayed for serological markers in the Laboratory of Hospital El Cruce. AIM: To analize the results obtained from serological samples of patiens of Hospital El Cruce and samples derived from network hospitals to which they were asked serological markers for CD. To evaluate the behaviour of serological markers jointly, during the period 07/01/2010 until 03/01/2011, including ELISA tests to dose antibodies against deaminated gliadin related peptide (DGP) Isotype IgG and IgA, apparentely more sensitive and specific than the tradicional methods. METHODS: ELISA tests for IgA/IgG anti tissue transglutaminase antibodies (anti- tTG) ; tests to detect antibodies to deamidated gliadin-related peptides (DGP IgA/ IgG) and the IgA class antiendomysium (EMA) using immunofluorescence (IFI) were performed. To dose IgA an immunoturbidimetric method was used. The patiens were divided in two groups: 1) IgA≥70 mg%, to which tests for antibodies class A were assayed. 2) IgA<70 mg% where tests for antibodies class IgG were used. The results were analysed using Epi Info 2008 version 3.5.1. RESULTS: 269 samples were analysed; 185 (69%) were adults and 84 (31%) were children. Of 185 adults; 28 (15%) had IgA ≥70 mg%, anti-tTG IgA positive and of 28; 22 (78%) had positive results for antiendomysium IgA and 20 (71%) were positive for antibodies DGP IgA and IgG. Of the 157 (85%) adults, all of them had IgA ≥70 mg%, anti-tTG IgA negative and EMA IgA negative but 4 assays for anti-DGP IgA and 7 assays for anti-DGP IgG were positive.